Учреждение имеет в своем составе 3 отделения, кабинет функциональной диагностики, кабинет физиотерапии. Отделение спортивной медицины занимается вопросами врачебного контроля, лечением и реабилитацией спортсменов, диспансерным наблюдением за ведущими спортсменами, членами сборных команд России, Республики, г.Улан-Удэ, учащимися ДЮСШ и школ олимпийского резерва (СДЮШОР), занимающимися в секциях и группах, медицинским обеспечением учебно-тренировочных сборов, занятий и соревнований, проводит анализ заболеваний и спортивного травматизма, разрабатывает мероприятия по их профилактике и лечению.
Значительные результаты имеются в разделах работы со спортсменами для достижения высокого спортивного результата. Достижения бурятских спортсменов неразрывно связаны с деятельностью этого отделения. Отделение лечебной физкультуры проводит восстановительное лечение методами ЛФК, массажа и физиотерапии. Отделение медицинской профилактики с 2003 года осуществляет мониторинг физического здоровья и физического развития детей и подростков Республики Бурятия - всего обследовано 10978 учащихся.
Все структурные подразделения диспансера оказывают консультативную помощь населению по вопросам сохранения и укрепления здоровья средствами и методами физической культуры.
Большие перспективы в развитии имеет филиал диспансера - санаторий «Ильинка», расположенный в Прибайкальском районе. В санатории планируется лечение пациентов с заболеваниями и травмами опорно-двигательного аппарата, а также лечебно-профилактические и восстановительные мероприятия для спортсменов республики.
Количество занимающихся в Республике Бурятия, по данным 2007 года, составляет 106114 человек. Из них прошли углубленный медицинский осмотр 61272 спортсмена. Из года в год увеличивается число соревнований. Так, в прошлом году с медицинским обеспечением проведено 1008 соревнований с общим количеством участников 75111.