Никифор Афанасьев родился 28 Июня 1910 года в селе Мухор-Тала Мухоршибирского (ныне Заиграевского) района Республики Бурятия, в семье рабочего. Образование начальное. Работал на мясокомбинате в городе Улан - Удэ. Участник боёв с японскими захватчиками на реке Халхин-Гол ( Монголия ) в 1939 году. В Сентябре 1941 года снова был призван в ряды Красной Армии. 

В действующей армии с Октября 1941 года. Начал службу на Западном фронте поваром, а затем стал снайпером 250-го Гвардейского стрелкового полка ( 83-я Гвардейская стрелковая дивизия, 11-я Гвардейская армия, 1-й Прибалтийский фронт ). По его инициативе в дивизии, где он служил, широко развернулось движение снайперов. 

К 1 Марта 1944 года старший сержант Н. С. Афанасьев обучил снайперскому делу многих воинов, лично уничтожил 200 солдат и офицеров противника. В 1942 году ему, как зачинателю снайперского движения, глава правительства Монголии, Маршал Чойбалсан вручил орден "Полярная Звезда". 

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 Июня 1944 года за мужество и воинскую доблесть, проявленные в боях с врагами, удостоен звания Героя Советского Союза. 

После войны Никифор Самсонович вернулся в родные края. Поселившись в селе Тэгда, работал в совхозе "Курбинский" табунщиком. Затем жил в городе Улан-Удэ. Награждён орденами Ленина, Красного Знамени, медалями. Умер 6 Декабря 1980 года. Его имя носит улица в селе Тэгда Хоринского района Республики Бурятия, где и похоронен Герой.